A agricultura moderna está baseada na monocultura. O padrão de produção de monocultura provoca impactos ambientais com a destruição das florestas e da biodiversidade genética, esgotamento e erosão dos solos e a contaminação dos recursos hídricos (eutrofização) e dos alimentos (agrotóxicos).
Os desmatamentos, as queimadas e o uso de substâncias não-biodegradáveis, na maior parte agrotóxicos, são algumas das práticas agrícolas associadas a esses tipos de impactos ambientais.
As espécies agrícolas transgênicas são desenvolvidas com a ideia de produzir mais e melhor. Assim, desenvolvem-se, em laboratórios de biotecnologia, variedades transgênicas resistentes às pragas, resistentes ao calor e frio, com tempo de amadurecimento mais lento, com maior resistência a herbicidas, e tudo isso que faz o lucro ser maior e as pessoas terem mais vontade de comprar. Atualmente, o uso de transgênicos na agricultura e na agroindústria está liberado no Brasil, muito embora ainda exista uma enorme discussão quanto aos estudos utilizados para a liberação das linhagens, bem como as pesquisas sobre as consequências sobre o meio ambiente e a saúde das pessoas. Dentre os principais riscos ambientais deste tipo de prática, está a possibilidade de ocorrer o escape do transgene para populações selvagens. Um transgene que dá resistência ao milho contra a larva de um inseto pode ser disseminado para populações de milho selvagem através da dispersão do pólen. Tal espécie na natureza poderia ter uma vantagem muito grande, extinguindo todas as espécies com as quais competir. Além disso, estão sendo criadas plantas transgênicas mais resistentes aos agrotóxicos, para que possam ser usados agrotóxicos mais potentes.
O patenteamento é uma das formas de proteção da propriedade intelectual mais difundidas. O titular de uma patente recebe do Estado um direito exclusivo, pelo qual pode impedir que terceiros façam uso de sua tecnologia patenteada. Muitas empresas estão lutando para patentear as sementes transgênicas produzidas por biotecnologia. A grande discussão é: se o pólen de uma semente geneticamente modificada fecunda uma planta crioula, o produto desse novo organismo também é de propriedade dessa empresa?
Silvicultura
Devido à grave situação ambiental causada pelo desmatamento, o governo passou a incentivar o reflorestamento. Concomitante a isso, houve grande desenvolvimento da silvicultura, voltada para a produção de matéria- prima para as fábricas de papel, papelão, resinas, madeira aglomerada e móveis. Geralmente, o plantio de árvores é feito em terrenos desfavoráveis à agricultura, como encostas de vales e áreas de solos pobres, pedregosos e arenosos. As espécies preferidas para o reflorestamento têm sido o eucalipto, o Pinus eliotti e a acácia-negra, diferentes das que formavam matas originais, sendo consideradas exóticas.
Sob o ponto de vista econômico, o reflorestamento tem trazido bons resultados. O Pinus eliotti, por exemplo, cresce mais rapidamente que o pinheiro-do-paraná (Araucaria angustifolia) e sua madeira dá bons lucros aos produtores. No entanto, esse tipo de reflorestamento não restaura o antigo ambiente ecológico, rico em espécies vegetais e animais. Numa plantação de eucaliptos, por exemplo, não se ouve o canto de aves.