Os fungos desempenham papéis fundamentais no meio ambiente e também possuem um valor muito grande para os seres humanos na indústria alimentícia e farmacêutica. Espécies saprofágicas são importantes para o equilíbrio ambiental, pois, junto com as bactérias decompositoras, são responsáveis pela degradação da matéria orgânica, propiciando a reciclagem de nutrientes e contribuindo para com o ciclo da matéria.
Os fungos também podem se associar a plantas e algas, tendo uma relação que favorece ambos. Mas eles não se juntam com outros seres vivos só para o bem, pois podem causar doenças em plantas e animais. Quando certos fungos se associam mutuamente a determinadas plantas, podem ser formadas estruturas conhecidas como micorrizas, que beneficiam o fungo e a planta. O fungo fornece melhor absorção de água e sais minerais escassos à planta e a planta fornece ao fungo açúcares e aminoácidos. Determinados fungos podem, ainda, se associar mutuamente a certas algas, formando os líquens. Com esta associação, o líquen pode habitar locais onde nem a alga nem o fungo poderiam viver independentemente. Eles se reproduzem por meio de fragmentos chamados sorédios, que contêm hifas do fungo e células da alga associados. A propagação é feita pelo vento.
E os seres humanos também se associam com os fungos de alguma forma (não tão harmônica, visto que comemos e nos curamos de doenças com eles). Quase 200 tipos de cogumelos são utilizados na alimentação humana. São ótimas fontes de proteínas além de diversificar a alimentação. A partir de algumas espécies de fungos, é possível produzir antibióticos (substâncias que matam bactérias) para tratar várias doenças bacterianas que atingem os seres humanos. Mas os fungos também nos “usam” de alguma forma. Por exemplo, a flora vaginal das mulheres é composta por milhares de bactérias. Quando a pessoa está com imunidade baixa, ou tomando antibiótico, essa concentração de bactérias diminui, favorecendo a proliferação da Candica albicans, um fungo que causa irritação, corrimento e coceira na vagina.
Existem outros fungos que também causam um efeito negativo para os humanos. O Tinea unguium, responsável por causar a Onicomicose (conhecida popularmente como micose de unha), que é um fungo que deixa as unhas espessas, quebradiças, friáveis ou irregulares. Já a histoplasmose é uma doença causada pelo fungo Histoplasma capsulatum que afeta o sistema respiratório do indivíduo, podendo causar febre, mal-estar, dor de cabeça e fraqueza.